Biocomputación.
Se estudian problemas como el ensamblado de secuencias de ADN, búsqueda de señales en cadenas de ADN, predicción de estructuras de proteínas y predicción de funciones de proteínas a partir de la secuencia y estructura. Se estudian y desarrollan autómatas moleculares para el diagnóstico y solución de mutaciones a nivel de genes así como el diseño de circuitos lógicos moleculares. Se estudia el desarrollo y posibles aplicaciones de diferentes modelos de computación celular.

Cómputo Científico y Paralelo.
Se realiza investigación en el desarrollo de diferentes métodos para la solución numérica de ecuaciones diferenciales que resultan de modelos matemáticos de mecánica de fluidos. Sobre el diseño de ambientes para la programación paralela y distribuida para su uso en una infraestructura de cooperación entre instituciones (Grid); se analizan los mecanismos de calendarización, balanceo de carga, evaluación de desempeño y optimización combinatoria con un énfasis particular en los distintos mecanismos de optimización de recursos; se trabaja en la recuperación de datos incompletos y ruidosos con aplicaciones a diferentes problemas.