El objetivo principal del programa de posgrado es formar individuos altamente capacitados que contribuyan a la solución de problemas ambientales y que jueguen un papel protagónico en el avance del conocimiento científico sobre diversos sistemas marinos. Esto lo logramos desarrollando en el estudiante su capacidad de observación, medición y análisis dentro del contexto científico, así como capacitándolo en la selección y aplicación de metodologías idóneas y de frontera para analizar y resolver problemas ecológicos.

En las actividades docentes y científicas del posgrado desarrollamos la capacidad crítica de nuestros estudiantes mediante la discusión de diferentes corrientes e hipótesis relevantes en ecología marina, el análisis de textos científicos, la presentación de seminarios, la formación de círculos de estudio, y la realización de un proyecto de investigación científica que culmina con su tesis de grado, entre otros mecanismos.

Las líneas de investigación que realizan los investigadores asociados al posgrado de Ecología Marina son diversas y abarcan desde la escala molecular y celular hasta la escala de comunidades y ecosistemas. Nuestros proyectos científicos son tanto de investigación básica, que contribuye a avanzar los fundamentos científicos de la ecología marina, como de investigación aplicada, más dirigida a la resolución de problemas específicos que atañen a los sectores social, productivo o gubernamental, a nivel local, regional o nacional.

Nuestras principales áreas de investigación están incluidas en cuatro líneas de generación y aplicación del conocimiento: 1) oceanografía biológica y pesquera, 2) uso y conservación de recursos marinos, 3) procesos biogeoquímicos y cambio global y 4) ecosistemas costeros. Asimismo, promovemos la interacción con otros aspectos de las ciencias marinas a través de otros posgrados del CICESE. El curriculum de nuestro posgrado incluye materias obligatorias y optativas para los estudiantes de maestría, mientras que los cursos tomados por los estudiantes del programa doctoral se establecen en función de sus intereses de investigación.