Actualmente, el programa de posgrado cuenta con una consolidada planta de investigadores de reconocido prestigio internacional, que desarrollan proyectos de investigación en láseres, óptica no lineal, fibras y guías ópticas, microscopía no lineal, óptica cuántica, biofotónica, esparcimiento y difracción de luz y procesado de imágenes. Del total de veinte investigadores, todos ellos con doctorado, cuatro cuentan con el Nivel III en el Sistema Nacional de Investigadores (SNI) y ocho poseen el Nivel II.

El departamento cuenta con laboratorios de investigación equipados con mesas ópticas, láseres de varios tipos y equipo óptico y electrónico especializado. Además, se cuenta con el apoyo de los talleres de óptica y mecánica fina para la fabricación de monturas mecánicas y componentes ópticos. Para los cursos de laboratorio se cuenta con un laboratorio de docencia apropiadamente equipado. Se cuenta también con una sala de cómputo para los estudiantes. Asimismo, todos los estudiantes cuentan con un espacio en oficinas designadas para el posgrado.

Los estudios de posgrado del departamento están dirigidos a los egresados de licenciaturas y maestrías en cualquier rama de las ciencias físicas, las ingenierías, las matemáticas y la química. A través de estos estudios se pretende presentar al estudiante el estado actual de la óptica como disciplina científica, así como mostrar la riqueza que representa como campo de investigación básica y su enorme potencial como generadora de tecnología de vanguardia.

El programa de maestría en óptica posee actualmente dos orientaciones: la de óptica física y la de optoelectrónica. La orientación en óptica física está enfocada a los aspectos fundamentales de la óptica y está dedicada principalmente a estudiantes que se dedicarán posteriormente a la investigación científica. La orientación en optoelectrónica está enfocada a preparar a los estudiantes para el diseño y uso de dispositivos optoelectrónicos, con aplicación principalmente en instrumentación, comunicaciones ópticas y sensores ópticos. En ambas orientaciones se cursa un grupo de materias comunes que permite a cualquier graduado del programa de maestría avanzar al programa de doctorado. Las estadísticas muestran que, desde al año 2000 a la fecha, el 36% de los estudiantes del programa de maestría ha escogido la orientación de Óptica Física y el 64% la de Optoelectrónica.