El objetivo principal del programa de posgrado es formar individuos altamente capacitados que contribuyan a la solución de problemas ambientales y que jueguen un papel protagónico en el avance del conocimiento científico sobre diversos sistemas marinos.
Otros objetivos importantes son:
Fomentar y cultivar los valores éticos y sociales que sustentan y justifican la investigación científica.
Promover un ambiente académico congruente con nuestros valores, objetivos y metas.
Facilitar el desarrollo académico personal a bien que el estudiante alcance su máximo potencial.
Satisfacer la demanda nacional de cuadros preparados para afrontar los retos de un desarrollo sustentable y responsable.